针对夫妻共有房产证抵押在银行，在离婚时如何处理的问题，可以根据《民法典》的规定进行协议处理或由法院判决。离婚时，双方应就共同财产达成协议，如无法达成协议，法院将根据具体情况进行判决，同时保护子女、女方和无过错方的权益。若不及时处理，可能会影响离婚进程和财产分割的公平性。
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离婚后，涉及银行房产抵押贷款的处理，双方可以协商共同偿还，或者通过协议由一方承担，另外还可以依据法院判决书确定处理方式。在选择处理方式时，应考虑双方的经济状况、贷款合同的约定以及可能的法律后果。重要的是确保贷款及时、合法清缴，以避免不必要的纠纷和损失。