在确定企业土地房屋评估公司的合法资质时，您应首先了解该公司的类型，并核实其是否由相应的主管部门监管。例如，房地产评估公司应由住建部门监管，土地评估公司由自然资源和规划局监管，资产评估公司则由财政部门监管。此外，您还可以查询该公司是否加入了对应的评估协会，如房地产估价师协会、土地估价协会或资产评估协会，并检查其是否持有有效的执业资格证书。这些步骤将帮助您确认所选评估公司的合法性，依据主要来自各主管部门对评估行业的监管规定。
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从法律角度，选择评估公司时需注意：确认评估公司类型及对应监管部门，核实其执业资格证书的有效性；查看评估公司是否加入相应评估协会，了解其行业声誉；明确评估范围、目的和收费标准，并签订正式评估合同；评估过程中，确保评估程序合法合规，评估结果公正合理。以上事项有助于保障评估的合法性和准确性。
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若评估过程中发现评估公司有违规行为，您应先明确违规类型，再采取相应的投诉措施。若违规行为涉及房地产评估，可向住建部门投诉；若涉及土地评估，应向自然资源和规划局反映；若属于资产评估违规，则应向财政部门举报。同时，您也可以向对应的评估协会投诉，以维护自身权益。