已签订退股协议股东不配合变更，可依法追究其责任。根据《公司法》等相关法律，退股协议是变更登记的必要文件，不配合将影响公司运营及股东权益，严重时可能导致债务纠纷，影响个人信用及公司正常经营。
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应对措施有协商、诉讼等。应先尝试与股东协商，明确利害关系；若协商无果，可通过法律途径提起诉讼，要求履行协议并配合变更，以确保公司运营及股东权益。
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股东不配合变更可这样处理：1.协商：与股东沟通，说明变更的重要性及不配合的后果，争取其配合。2.发送书面通知：若协商无果，发送正式书面通知，要求其在规定时间内配合完成变更。3.提起诉讼：若上述方式均无效，可向法院提起诉讼，依据退股协议要求履行义务，并承担因此产生的法律责任。