设施农用地被改基本农田需依法处理。依据《土地管理法》，改变土地使用性质应办理审批，未经批准擅自改变将承担法律责任，可能导致土地被收回及罚款等严重后果。
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处理此类情况常见方式为申请审批或恢复原状。若确需改变用途，应依法向相关部门申请农用地转用审批；若违规改变，应立即恢复原状并接受处罚，选择方式需根据实际情况和法律规定决定。
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设施农用地改基本农田需合规。操作如下：1.若需改变用途，先向当地自然资源部门咨询并申请审批；2.若未获批准而已被改变，应立即停止使用并恢复原状；3.主动向相关部门报告并配合处理，避免进一步违法后果。