如果合同上面盖章的公司查不到，这确实可能引发合同有效性的疑问。根据《民法典》的相关规定，合同主体为公司或单位的，合同生效前应签字盖章，否则不会生效（法律依据：《民法典》相关规定）。但具体情况还需具体分析，比如若合同已由单位授权范围内的委托代理人或法定代表人签署，则合同可能仍然有效。因此，不能一概而论地说合同必然无效，而需要综合考虑合同签署情况、代理权限等因素。
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如果合同上面盖章的公司查不到，但在履行合同过程中对方已经接受了主要义务，根据《民法典》的规定，该合同可能仍然有效。具体操作为：首先确认对方是否已实际履行主要义务；其次，确认对方是否接受该履行；若两者均确认，则合同成立并生效，不受公司无法查询的影响。
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从法律角度，处理合同上面盖章的公司查不到的情况时，应首先核实合同签署人的身份和代理权限，确保合同签署的合法性。同时，保留合同履行过程中的相关证据，如交付凭证、对方接受履行的证明等。若对方对合同有效性提出异议，可寻求法律途径解决争议，必要时可向法院提起诉讼。